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(In Japanese)シグナルペプチドの判別方法、及びそのためのコンピュータプログラム meetings

Seeds code S090003311
Posted date Mar 26, 2010
Researchers
  • (In Japanese)美宅 成樹
  • (In Japanese)五味 雅裕
Name of technology (In Japanese)シグナルペプチドの判別方法、及びそのためのコンピュータプログラム meetings
Technology summary (In Japanese)シグナルペプチドは、分泌型水溶性タンパク質および一部の膜タンパク質のN末端付近に存在する機能性セグメントであり、細胞質内で生合成されたポリペプチド鎖の生体膜透過、及び膜への組み込みにおいて重要な役割を果たしている。シグナルペプチドの疎水性領域がシグナル認識粒子(SRP)により認識され、トランスロコン複合体が形成される。膜透過後、Cleavage Siteで切除される。Cleavage Siteを持たない場合、膜に組み込まれ膜貫通領域を形成するが、このセグメントをシグナルアンカーと呼ぶ。これらシグナルペプチド、シグナルアンカーを高い精度で予測する方法である。Kyte-Doolittleの疎水性指標(以下、疎水性指標とする)と、新しく定義した負電荷残基指標によってシグナルペプチド候補領域を抽出し、列挙された候補領域に新しく定義したシグナルペプチド判別指標およびシグナルアンカー判別指標を適用し、併せて候補領域の位置や長さを用いてシグナルペプチドを予測する方法である。
Drawing

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S090003311_01SUM.gif
Research field
  • Molecular genetics in general
  • Proteins and peptides in general
Seeds that can be deployed (In Japanese)アミノ酸配列が決定されたタンパク質に、シグナルペプチド又はシグナルアンカーの何れかが含まれるか否かを、高い精度で判別するための方法、及び、シグナルペプチドが存在すると判別される場合には、シグナルペプチド領域についての情報を出力する方法そのためのコンピュータプログラムを提供する。
一次配列が解明されたタンパク質について、94%以上の正答率で、迅速に、被判別タンパク質がシグナルペプチドを持つか否かを判定することができる。
Usage Use field (In Japanese)シグナルペプチド領域決定プログラム、シグナルアンカー領域決定プログラム、生体膜透過蛋白質検出法、シグナルペプチド改質システム、膜透過ポリペプチド合成システム
Application patent   patent IPC(International Patent Classification)
( 1 ) (In Japanese)国立研究開発法人科学技術振興機構, . (In Japanese)美宅 成樹, 五味 雅裕, . METHOD AND COMPUTER PROGRAM FOR DISCRIMINATING SIGNAL PEPTIDE. P2003-014734A. Jan 15, 2003
  • G01N  33/48     
  • G06F  19/00     
  • G06F  17/30     

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